Einzelne Funde weisen auf eine Besiedlung während der Jungsteinzeit hin. Die erste urkundliche Erwähnung von Hercenahc erfolgte im Jahr 1097. Die Landesherrschaft lag ursprünglich bei den Grafen von Homberg, spätestens ab 1306 bei den Habsburgern. Nach Herznach nannte sich im 12. und 13. Jahrhundert ein Ministerialengeschlecht. Ihre Burg, die auf den Fundamenten eines Herrenhofes aus dem 7. bis 10. Jahrhundert errichtet worden war, fiel 1356 beim Basler Erdbeben in sich zusammen; der Standort wird auf dem Kirchhügel vermutet.
Die Habsburger verpfändeten nach dem Waldshuterkrieg von 1468 das gesamte Fricktal an Burgund. Als die Burgunder von den Eidgenossen während der Burgunderkriege vernichtend geschlagen worden waren, kam Herznach 1477 wieder unter österreichische Herrschaft. Nach der Reichsreform des österreichischen Kaisers Maximilian I. im Jahr 1491 gehörte Herznach zu Vorderösterreich und lag in der Landschaft Fricktal, einer untergeordneten Verwaltungseinheit der Kameralherrschaft Rheinfelden.
Während des Schwabenkriegs von 1499 zogen Berner und Freiburger Truppen plündernd durch die Dörfer nördlich der Staffelegg bis hinunter nach Frick. Ab 1502 lag Herznach an der Grenze zum Berner Aargau, nachdem Bern das südlich gelegene Nachbardorf Densbüren in Besitz genommen hatte.
Während des 17. Jahrhunderts gab es kaum längere Friedenszeiten. Der Rappenkrieg, ein Bauernaufstand, dauerte von 1612 bis 1614. Der Dreissigjährige Krieg, der zwischen 1633 und 1638 auch das Fricktal erfasste, warf das Dorf in seiner wirtschaftlichen Entwicklung zurück. Auch während des Pfälzer Erbfolgekriegs (1688-1697) zogen fremde Truppen durch die Region. Bis zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde in Herznach Eisenerz abgebaut.
1797 wurde das Fricktal nach dem Frieden von Campo Formio ein französisches Protektorat. Während des Zweiten Koalitionskriegs verlief hier die Frontlinie zwischen den Armeen Frankreichs und Österreichs. Am 20. Februar 1802 wurde Herznach eine Gemeinde im Distrikt Frick des Kantons Fricktal, der sich im August der Helvetischen Republik anschloss. Seit dem 19. März 1803 gehört die Gemeinde zum Kanton Aargau. 1853 trennte sich der Weiler Oberzeihen von Herznach und vereinigte sich mit Zeihen.
Nach einem über 150-jährigen Unterbruch wurde 1937 der Eisenerzabbau wieder aufgenommen. Wegen der drohenden Kriegsgefahr wurde das Erzvorkommen wieder als abbauwürdig betrachtet. Die jährliche Fördermenge erreichte 1941 einen Höchstwert von 210'000 Tonnen. Danach sank sie auf jährlich 50'000 Tonnen, bis das Bergwerk dann 1967 stillgelegt wurde. Heute zeugt ein Siloturm von der Bergbauvergangenheit. Nachdem die Bevölkerungszahl während Jahrzehnten stagnierte, steigt sie seit Ende der 1970er kontinuierlich an.
Die Restaurants im Herznach "Von Tavernen und Pinten"
(von Linus Hüsser)